* Убрать неважные параметры, засабмитить сайтмап через WMT, указав предпочтительные урлы. В выдаче не обязательно будут именно эти адреса, но вроде это может помочь
* Максимально использовать 301 редирект для ссылок с параметрами: аффилиатными и реферальскими кодами, кодами страниц-реферов и тому подобные
* Для параметров тех же афилиатных и реферских ссылок использовать cookie

Теперь рассказываю как сделать такой редирект. В файл .htaccess (сервер Apache) пишем строку
Redirect /shop http://www.shop.com/r.cgi?htg6785


Файл .htaccess должен лежать в корне сайта, если его нет то создаем и прописываем туда правила, руководствуясь постом про 301 редирект. Результатом выполнения предыдущей строки будет перенаправление пользователя, нажавшего на ссылку www.вашдомен.com/shop, на страницу магазина. Таким же образом можно прятать любую реферальную ссылку под безобидным адресом на вашем сайте (правда до поры, пока юзер не посмотрел в адресную строку). Все-таки часто не хотят люди приносить своим наставникам реферальный процент, как будто отбирают у них, а не у партнерки.